‘한국의 서원’은 성리학과 관련된 한국의 문화적 전통의 탁월한 증거로 그 교육과 사회적 관습은 많은 부분 오늘날까지 지속되고 있다. 서원은 중국에서 들어온 성리학이 한국의 여건에 맞게 변형되고 그 결과 그 기능과 배치, 건축적인 면에서 변화를 겪고 토착화되는 과정을 보여주는 역사적 과정에 대한 독보적인 증거이다.

서원은 진정성 요건을 충족한다. 형태와 디자인, 재료와 물질은 기본적으로 원래의 모습을 유지하고 있다. 그 활용과 기능, 전통은 대부분 그간 지속 되어 온 내용을 그대로 유지하고 있으며, 다만 교육기관으로서의 역할은 크게 축소된 면이 있다. 서원의 위치와 주변 환경은 전반적으로 그 모습을 유지하고 있지만, 두 곳의 서원은 최초의 위치에서 옮겨진 바 있다. 무형유산과 서원의 영적 측면은 전반적으로 잘 유지되고 있다.

서원은 유산의 탁월한 보편적 가치를 보여주는 모든 속성을 갖고 있다. 이는 서원과 부속건물, 정문, 하마비, 기념비를 비롯해 능선과 계곡, 도로, 수목과 시야 내 경관 등 인접 환경으로 이루어진 건물 및 건축요소를 의미한다. 해당 유산의 이들 속성은 전반적으로 그 상태가 우수하다.
유산에 압력을 끼치는 주요 요소인 개발과 충해, 화재, 지진과 방문객 문제 등은 적절하게 관리되고 있다. 다만 지속적인 모니터링이 필요하다.

서원의 보호는 1차적으로 문화재보호법에 근거하며, 그 밖에 문화재청이 마련한 여타 유산 관련 법에 따라 추가적인 보호가 이루어진다. 문화재수리 등에 관한 법률, 무형문화재 보전 및 진흥에 관한 법률 등이 여기에 해당한다. 대통령령과 부령도 이를 뒷받침한다.
9개 서원은 모두 국가지정문화재이다. 이러한 법적 장치는 문화재 수리의 시행과 배향의 전통을 지켜나가는 데 있어 유산의 체계적 보존에 주요한 역할을 하고 있다.
각 지방자치단체에서도 문화재보호법에 따른 유산 보호를 위한 조례를 마련했다. 이들 조례 또한 유산의 통합관리를 위한 단체의 설립과 운영의 기초를 제공한다.
서원관리단, 서원 운영위원회, 중앙 및 각 단위 지방자치단체가 관리체계를 형성하고 있다. 문화재보호법은 관련 지자체나 개별 서원이 해당 유산을 관리하도록 되어 있다. 서원관리단은 유산의 통합관리를 담당한다. 정부와 개별 서원이 각 서원의 상시 관리를 담당하며 서원 운영위원회가 그 운영과 관리를 담당한다.
중앙정부에 해당하는 문화재청은 각종 지원을 담당하고 이를 감독하는 역할을 한다. 각 지방자치단체 개별 서원에는 관리계획에 해당하는 종합관리계획이 마련되어 있다. 또한 핵심이 되는 보존관리 매뉴얼과 가이드라인도 존재한다. 통합관리계획은 현재 마련 중이다.
위험대비 대책 또한 일정 부분 있으며 추가적인 내용과 시스템 또한 개발 중이다. 방문객 관리 내용 또한 만족스러운 상태이나 9개 서원을 하나의 유산으로 보다 잘 통합해 제시하는 방안이 필요하다.